《诡秘之主》的未解之谜包括以下内容：
造物主相关：原初造物主是否真的存在，其信息几近于无，仅有缥缈的远古神话传说。
亵渎石板相关：亵渎石板是什么，是谁制造的，上面到底写了什么。目前看亵渎石板指明了成神的道路，但石板本身的来源和产生意图未知。
远古太阳神相关：远古太阳神是谁，是否是苏醒的原初造物主，信息混杂、彼此矛盾，让人无从分辨。
大灾变相关：大灾变是怎么回事，期间发生了什么，它几乎将灾变前后分割为两个完全不同的世界，是关键的历史线收束点，但具体信息未知。
蒸汽与机械之神相关：蒸汽与机械之神是谁，从哪冒出来的，古神、附属神灵、八大天使之王、天使、恶魔、真神家族中均无相关疑似角色，却突然出现并成神。
灰雾相关：灰雾是什么，是属于穿越者的，还是属于占卜偷盗3途径的，作为主角的金手指，根本说不清。
末日相关：末日什么时候发生，怎样发生，会造成什么程度的毁灭，主角身份关键的原因之一在于“橘光”说他是末日中的变量之一，但相关问题眼下都无法解答。
海底竖井相关：海底竖井是谁建造的，在加尔加斯东面发现海底遗迹，有大规模金属建筑残骸和深不见底的狭窄竖井，看似不起眼，但背后可能藏着巨大秘密，近乎完全无法在现有信息体系中被解答。
穿越者由来相关：诡秘世界中穿越者的由来，有猜测认为诡秘世界是地球人类毁灭后的新世界，灰雾可能是上个人类时代的产物，也可能是占卜家序列唯一性，或者克莱恩与灰雾是旧日支配者一类的地位，是旧神，甚至可能是一切非凡特性的源头。
古神·空想之龙相关：古神·空想之龙是否为自己留下了后手，会否在关键时刻影响亚当的计划。
亚当相关：亚当的时代潮流究竟是什么，其与“红祭司”的成神仪式是否相近，“格罗赛尔游记”是否为其计划的必需品；阿蒙和亚当是否为统一阵营及同一目的尚不明确。
第二纪相关：第二纪莉莉丝、弗雷格拉、欧弥贝拉陨落的真相，莉莉丝的陨落精灵王和巨人王各执一说，只知道黑夜女神参与其中。
混沌之子与原初魔女相关：混沌之子的状态，这位外神只在番外露头；原初魔女奇克的状态，这位神灵在苍白之灾中被六神重创，之后低调恢复，只在克怂融合唯一性的时候出手一次。
隐匿贤者相关：隐匿贤者的状态，克怂交给黄嘉嘉去调查，真实身份一直是个谜。
外神相关：外神对现实的渗透情况，现在已知的有母神、母树的渗透、混沌之子的渗透在番外有了介绍，但其余外神的信徒一直没有现身。
亵渎之牌相关：22张亵渎之牌的全部下落，已知克怂手上有愚者牌、红祭司牌、黑皇帝牌、暴君牌、黄贝贝手上应该有命运之轮和贤者牌，深渊牌被第二卷的欲望使徒的同伙拿走，其余牌的下落还是谜团，尤其是最危险的母亲与月亮牌。
恶魔君王法布提及深渊恶魔相关：恶魔君王法布提以及深渊恶魔的状态，已知祂已经被母树污染，但因为是神灵加上屏障的作用，污染程度应该比被缚之神低，深渊途径的其余人也是谜团。
原海上四王相关：原海上四王中的不死之王的谜团，其真实身份及背后势力一直是谜团。
九大源质相关：九大源质对其余大陆的渗透，永暗之河在灵界开了之流、灾祸之城连接了班西，失序之国污染了审判者唯一性，其余源质应该也对西大陆以外的地方有影响。
查拉图相关：查拉图的复活后手能否成功，这个估计只有在第二部中才会有介绍。
红祭司与审判者相关：红祭司的序列1特性及唯一性下落，审判者的序列1特性下落，目前已知的只有鲁恩建国国君那一份，费内波特王室应该也有一份，最后一份下落未知。
死神相关：第四纪死神的其余复活后手，虽然这位死神八成不能在成为序列0，但是大帝透露这位复活后手不止1个，估计还有其余后手。
赫密斯相关：赫密斯的目的及真实身份，在知道亚当就是白造后赫密斯果断背弃了亚当，那么祂难道真的想复活最初。
月亮高序列特性相关：月亮高序列特性的下落，在莉莉丝陨落后唯一性到了女神手上，神战结束后还给了莉莉丝，序列1特性只知道有一份曾经在血月女王那里，其陨落后下落未知，其余特性也是未知，很有可能在莉莉丝那里。
克怂五枚硬币相关：克怂五枚硬币的作用，只能看第二部了。
各国国情相关：费内波特、弗萨克、因蒂斯、伦堡等国的国情，这个估计不是一两部能写完的。
灵知会相关：灵知会的情况，根据番外介绍这个与分裂的一部分塔玛拉人以及原初魔女有很大的关系。
封印物相关：封印物中001、003、004这些排名在灯神前面的封印物的本质。
第二卷中向克怂购买黑皇帝序列魔药的女士相关：第二卷中向克怂购买黑皇帝序列魔药的女士的身份，不知道大家还记不记得她，貌似背后有一个工匠帮她，但作为非官方人士却有工匠并且选择了被皇室垄断的黑皇帝序列，失落的贵族。
密修会相关：密修会的情况，查拉图虽然陨落，但克怂并没有收编密修会，估计他们会在查拉图复活中起到关键作用。
海上七大宝藏相关：海上七大宝藏的真相，已知不老泉是故意放出的陷阱，其余宝藏未知。
拜血教三大家族相关：拜血教三大家族的情况。
最后一份神孽特性相关：最后一份神孽特性的下落。
战争之红军团人员相关：战争之红军团人员在红天使死后的去向。
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